雨の日にひろしとみさえのもとに可愛らしい赤ちゃんが誕生した。ひろしが考えた名前のメモは濡れてほとんど読めなくなっていたが、読める文字を繋げてみると「しん...の...すけ」。あれから5年、野原家に1人の女性が訪れる。ちよめと名乗るその女性の口から信じられない言葉が…。「私、しんのすけさんの本当の親なんです。」ひろしとみさえは戸惑いながらも、身ひとつで来たちよめを追い返すわけにもいかず、その日は野原家に泊めることに。しかし、その夜突如謎の忍者軍団が襲い掛かる！ 瞬く間に連れ去られるちよめとしんのすけ。果たして「しんのすけ」の運命は？ 本当の「家族」とは一体!?
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